扁桃体位于消化道和呼吸道的入口，具有细胞免疫和体液免疫功能，是儿童时期重要的免疫器官。有人报道说在生长期切除扁桃体会损伤机体对微生物的防御和局部免疫功能，导致免疫监视功能障碍，从而出现相对的免疫缺陷。但已有很多研究表明：在术后３个月患儿的免疫功能都恢复到了术前的水平。所以，不用担心切除扁桃体对免疫力的影响。其实，我们切除的都是有问题的扁桃体，是在权衡利弊后决定的，是必须要切除的。就像一个苹果，好的我们当然要留下，但是坏了的可能就要丢掉一样的道理。
目前一种扁桃体切除的新的术式悄悄展开，那就是扁桃体部分切除术，大家觉得可能部分切除对免疫功能是不影响的，其实我们考虑是否选择扁桃体部分切除术不仅仅跟免疫有关，还与以下因素有关。
扁桃体部分切除术是指相对于扁桃体全切而言，仅切除了部分扁桃体组织而不破坏扁桃体包膜，保留了包膜和部分扁桃体组织，可作为屏障，减少术中直接和间接创伤以及术后二期感染引起的炎症，减少了扁桃体周围肌肉的炎症反应，加速愈合，出血概率更少，手术更加安全。所以扁桃体部分切除术具有以下优点：术后的疼痛更轻，恢复正常的饮食的时间更早。对于因生理性扁桃体肥大引起的鼾症，部分切除扁桃体跟全切除的效果是一样的。
扁桃体部分切除对患儿机体的免疫力和局部的免疫水平并无影响。其实，无论全切除还是部分切除，已有很多研究表明：在术后３个月患儿的免疫功能都恢复到了术前的水平。
但存在一个比较棘手的问题，扁桃体部分切除后术后扁桃体再肥大的问题，也就是术后复发的问题，Ｃｅｌｅｎｋ等报道的再肥大率为１６．７％，再手术率为１１．９％。当然，也有报道肥大率低的，如Ｓｏｒｉｎ等报道的再肥大率为３．２％，扁桃体切除术后再肥大率多发生在４岁以下患儿。总之，术后再肥大是一个要引起重视的问题。
如果家长想要做扁桃体部分切除，什么情况适合呢？一般来讲，4岁以上，没有反复扁桃体发炎，只是单纯性肥大导致打鼾的的患儿。如果有扁桃体脓肿的病史，不建议部分切除，具体应该由专科医生评估。