扁桃体是局部免疫器官，具有细胞免疫和体液免疫的功能。扁桃体在儿童期是有效的免疫器官，对儿童具有保护作用。
扁桃体的功能
1.免疫功能
4周岁以前小儿的扁桃体犹如一“预防注射”部位，对抗原刺激反应的结果是淋巴滤泡增生致扁桃体增生性肥大，是代偿功能的表现，不是病态，不应切除。即使肥大影响了呼吸或吞咽，也只能切除腺样体和一侧扁桃体，以维护“预防注射”的重要功能。
2.扁桃体还具有吞噬功能
反复炎症发作，或有感染灶或有肥大的三种扁桃体，证实其中存在两种巨噬细胞，均具有吞噬外来抗原的作用。
3.扁桃体还具有神经反射功能
人体具有免疫功能的组织与神经系统有联系，支配扁桃体的自主神经和感觉神经为免疫系统直接向中枢神经系统传递信息的径路。
4.扁桃体对内分泌的影响
扁桃体与甲状腺关系密切，发炎的扁桃体对甲状腺可发生*性影响，引起甲状腺肿及甲状腺功能亢进。
5.扁桃体有消化作用
在生理关系上，扁桃体似应属于消化系统的器官，扁桃体上窝内有waber腺，其分泌物被认为有助于扁桃体窝内食物残渣的消化。
扁桃体的坏处
大量的实验和临床研究皆证明病灶性扁桃体炎可引起风湿病、心脏病或肾脏疾病等。研究证明病灶性扁桃体中可含有超免疫合成，扁桃体已由免疫器官变成超免疫器官，由防御器官变成为感染侵入门户和病灶，由于自身抗原刺激引起抗体形成，在局部造成自身损害在远处造成其他器官，如心、肾、关节等的损害。当扁桃体己经成为对机体有害的病灶，则应尽早手术切除。
耳鼻喉科专业医生认为，如果孩子出现以下症状，就应当考虑手术切除扁桃体：
扁桃体局部疾病
1.反复发作急性扁桃体炎，2～3年内至少每年发作3次，并经医生检查证实者；
2.曾患扁桃体周围炎或脓肿；
3.扁桃体肥大影响吞咽、呼吸、发音及发育，特别是有引起上呼吸道梗阻性肺心病可能者；
4.扁桃体肥大，咽部唾液蓄积，夜间阵发性咳嗽，严重或常并发气管支气管炎者；
5.扁桃体其他疾病，如角化症、结石、良性肿瘤或恶性肿瘤早期；
6.白喉带菌者，经保守治疗无效时。
慢性扁桃体炎导致其他器官疾病者
1.慢性鼻炎、鼻窦炎或反复感冒者；
2.反复引起气管支气管炎或气管肺炎者；
3.颈淋巴结炎无口腔其他疾病，或肺结核不活动而颈淋巴结核久治不愈者；
4.咽鼓管阻塞影响听力，无其他原因的慢性单纯性化脓性中耳炎，久治不愈者；
5.病灶性扁桃体炎引起风湿热、风湿性心肌炎、风湿性关节炎、或急性肾小球肾炎等，待病情稳定后应早期施行手术；
6.长期不明原因的低热，经小儿内科检查未发现其他原因；
7.小儿食欲不好，营养发育不良，而无其他病因。
在德国，根据国家卫生监测系统的统计数据显示年在20岁以下的青年每人中有70.92人进行了扁桃体切除术。
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